Un sistema con pasos bien definidos, asegura que no haya ningún tipo de contaminación de las aguas. El proceso correcto de limpieza de tanques de agua no se puede reducir a un ejercicio de limpieza regular. El proceso se puede dividir en tres etapas. En primer lugar se realiza el desagote, apertura y achique de barros de fondo, luego se procede a la limpieza de pisos, paredes y techos internos del tanque. Para lograr una mejor limpieza y mejor desinfección, el agua utilizada para la limpieza debe ser tratada con hipoclorito de sodio. El método utilizado puede variar entre el cepillado o el hidrolavado a baja presión, dependiendo del tamaño de las superficies a tratar. La segunda fase consiste en el control de estanqueidad y control de funcionamiento. Los tanques se suelen deteriorar con el paso del tiempo, como cualquier estructura. Sus tapas, paredes, pisos, techos, caños, colectores, flotantes, automáticos, ventilaciones, ruptores de vacío, entre otros, son revisados minuciosamente en cada limpieza periódica. El mal estado de alguna de estos elementos, puede poner en riesgo la salud de la población de los edificios. Por ejemplo, una tapa de inspección en mal estado permite que un elemento extraño, como palomas y ratas, ingrese al tanque produciendo la contaminación del agua. Otro caso posible es que una tapa de acceso en mal estado provoque filtrado de agua hacia el exterior deteriorando la estructura del tanque. El deterioro también se puede producir en la capa impermeable interna: un flotante o un automático en mal estado pueden producir desbordes o cortes de suministro; la falta de tubos de ventilación provocan la acumulación de gases del cloro que deterioran los hierros del hormigón del techo del tanque; o un colector deteriorado tiene el provocar problemas de presión en las distintas canillas de los usuarios, también puede provocar problemas en los calefones y lavadoras de carga automática. Por estas razones, es importante que el personal de limpieza de los tanques de agua cuente con la capacidad necesaria para detectar todo tipo defectos y poder prevenir futuros problemas. Por último, la tercer etapa consiste en un control del agua. Una vez puesto a funcionar el sistema sanitario, se realizan las tomas de muestras para ser analizadas en laboratorio. Se hacen dos dos tipos de análisis: el bacteriológico semestral y el físico químico anualmente (Ley de Seguridad e Higiene en el Trabajo). A los días, se obtienen los resultados y se confecciona el correspondiente certificado.