Muchas son las fuentes de contaminación del agua y pueden clasificarse en puntuales o no puntuales; las primeras están bastante controladas, pero las segundas son más difíciles de evaluar. Los pesticidas y fertilizantes son dos de los contaminadores más difundidos cuando se utilizan tanto comercialmente como en el hogar. El escurrimiento de riegos y el drenaje de jardines desagotan en desagües, arroyos y ríos y eventualmente se filtran a aguas dulces. Mientras que los abonos enriquecidos hacen que el agua dulce altere el equilibrio natural de los nutrientes para la vegetación acuática. En tanto, los derrames de petróleo son el tercer mayor contaminante del agua. Cuando llegan a los océanos, contaminan inmediatamente toneladas de aguas cercanas, mientras que el petróleo derramado en la tierra se transporta a través del agua de lluvia a los océanos y la navegación también deja su rastro de hidrocarburos en los mares. La filtración de gas de los almacenamientos es un gran problema para la contaminación del agua también, y numerosos pozos de agua subterráneos han sido clausurados debido a la contaminación de aguas subterráneas causadas por fugas en los tanques. La minería también libera compuestos en el suelo que luego son transportados al agua. Procesos similares ocurren cuando los bosques son talados y los sedimentos, que de otro modo se concentrarían en el suelo, son llevados a la superficie de la tierra. Ambos sectores también producen desechos traídos por el agua de lluvia a los ríos y océanos. Más de la mitad de los desechos líquidos más peligrosos producidos por las industrias se vierten directamente a aguas subterráneas, incluyendo metales y materiales radiactivos producidos como un subproducto de diversos procesos. Los plásticos también se descartan en los mares y causan lesiones graves a los animales que viven en el agua ya que a menudo se enredan en ellos y cuando se deshacen, los plásticos son consumidos por animales más pequeños. Los elementos comunes del hogar se arrojan por el desagüe sin procesar, incluyendo medicamentos, perfumes y otros químicos perjudiciales para la calidad del agua. Las aguas residuales tienen un efecto igualmente de perjudicial, ya que se envían a los cursos sin tratamiento, debido a falta de regulaciones o mal funcionamiento de las plantas de tratamiento.
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